مرکز تحقیقات میکروب‌شناسی پزشکی قزوین با هدف پیشگامی در شناسایی و مقابله با چالش‌های میکروبی، محورهای فعالیت خود را در سه راستای اصلی تعریف کرده است:

الف) اهداف راهبردی و تخصصی:
- ارائه خدمات پیشرفته پژوهشی و آموزشی به تمامی ذینفعان حوزه میکروب‌شناسی در سطح ملی.
- واکاوی جامع مقاومت‌های دارویی میکروب‌ها و تدوین گزارش‌های تحلیلی از وضعیت مقاومت میکروبی در استان قزوین جهت اتخاذ تصمیمات بهداشتی.
- شناسایی، پیشگیری و کنترل متدهای نوین مقاومت میکروبی در راستای ارتقای سلامت جامعه.
- شناسایی نیازهای مبرم جامعه و جهت‌دهی به پژوهش‌های کاربردی بر اساس اولویت‌های بهداشتی.
- توسعه زیرساخت‌های آزمایشگاهی و ارتقای بودجه‌های تحقیقاتی جهت دستیابی به استانداردهای جهانی.

ب) محورهای توسعه و حمایت از پژوهش:
- حمایت جامع (مادی و معنوی) از پژوهشگران در مسیر چاپ مقالات در مجلات معتبر و ارائه دستاوردهای علمی در کنگره‌های داخلی و بین‌المللی.
- تسهیل و تسریع در تدوین و تصویب پروپوزال‌های تحقیقاتی و پشتیبانی از طرح‌های پژوهشی.
- تربیت نیروی انسانی متخصص و پرورش محققان نسل جدید در حوزه میکروب‌شناسی بالینی.
- برگزاری دوره‌ای کارگاه‌های آموزشی تخصصی در زمینه بیماری‌های عفونی و تکنیک‌های نوین آزمایشگاهی.
- برقراری همکاری‌های استراتژیک و تبادل تجربیات با مراکز تحقیقاتی پیشرو در داخل و خارج از کشور در چارچوب قوانین جمهوری اسلامی ایران.

ج) تعهدات اخلاقی و حرفه‌ای:
در پیشبرد تمامی اهداف فوق، مرکز متعهد به رعایت اصول زیر است:
- پایبندی کامل به ارزش‌های دینی، فرهنگی و اخلاق پژوهشی.
- حفظ حقوق و تکریم اساتید، پژوهشگران، کارکنان و دانشجویان.
- به‌کارگیری خلاقیت و نوآوری در ارائه ایده‌های کاربردی و فناورانه.
- شفافیت در انتشار نتایج تحقیقات و به‌روزرسانی مستمر درگاه اطلاع‌رسانی مرکز جهت دسترسی همگانی به دانش.