هدف غایی مرکز تحقیقات میکروب‌شناسی پزشکی قزوین، دستیابی به جایگاهی است که در آن:

۱. در شناسایی و کنترل بیماری‌های عفونی و مقاومت‌های میکروبی، به مرجعی اثرگذار در سطح ملی و جهانی تبدیل گردد.

۲. با بهره‌گیری از نوآوری‌های فناورانه، در زمینه‌های تشخیص و پیشگیری از بیماری‌ها، پیشرو باشد.

۳. از طریق توسعه همکارهای علمی بین‌المللی، محیطی پویا برای تبادل دانش و پژوهش ایجاد نماید.

۴. گامی مؤثر در جهت ارتقای سطح سلامت جامعه و مقابله با چالش‌های میکروبی بردارد.